عليرغم اين کناره‌گيري که قرار بود به يکدست شدن صفوف جناح مقابل و ممانعت از ريزش آراي آنان منجر شود، آيت الله هاشمي با فاصله‌اي قابل توجه توانست با کسب اکثريت آراي نمايندگان ملت در مجلس خبرگان، به رياست آن برسد.

در دومین نشست چهارمین دوره مجلس خبرگان رهبری رای گیری برای ریاست این مجلس صورت گرفت كه هاشمی رفسنجانی و جنتی به عنوان كاندیدا معرفی شدند.براساس رای گیری صورت گرفته كه به صورت مخفی انجام شد، هاشمی رفسنجانی با 41 رای به عنوان رئیس جدید مجلس خبرگان رهبری انتخاب شد.همچنین در این رای گیری احمد جنتی دیگر كاندیدای ریاست مجلس خبرگان رهبری 34 رای را كسب كرد.

انتخاب هاشمی به ریاست مجلس خبرگان درحالی صورت گرفت که وی در نطق افتتاحیه این اجلاس که در مقام نایب رییس مجلس خبرگان رهبری ایراد شد، نکات مهمی را مطرح کرد.

وی با تاكید بر اینكه «مجلس خبرگان می‌تواند وظایف مهم عملی نیز داشته باشد»، گفت: مثلا برخی از مسایلی كه مقام معظم رهبری درباره سیاست‌های كلی و اصل 44 قانون اساسی تصویب كردند، و مسوولیت آن را برعهده‌ نهادهایی مانند مجمع تشخیص مصلحت نظام گذاشتند، مجلس خبرگان می‌تواند از آن‌ها در رابطه با وظایف‌شان توضیح بخواهد.هاشمی رفسنجانی با اشاره به اینكه «خبرگان رهبری می‌تواند فعال‌تر شود»، خاطرنشان كرد: سوال اینجاست كه با توجه به وضعیت موجود و گذشته، آیا خبرگان با این نیروها كارآیی برای نظام دارد یا خیر.

خبرگان رهبری را برخی به نیروهای مسلح تشبیه می‌كنند، این نیروها با هزینه‌های گزاف در كشور حضور دارند تا اگر روزی جنگی در كشور رخ داد برای دفاع حضور داشته باشند. آ‌نها در زمان صلح آمادگی لازم را كسب می‌كنند و حضور آن‌ها موجب آرامش مردم و ایجاد امنیت است.وی افزود: خبرگان رهبری نیز با هزینه‌هایی كم این نقش را در حساس‌ترین مرحله‌ تاریخی ایفا می‌كند، آن روزی كه خلا بزرگی در جامعه احساس می‌شود و دشمنان را علیه نظام ما حریص می‌كند، نقش ویژه‌یی برعهده خواهد داشت. این قدرت عظیم نقش مهمی برای پیشگیری خطر و جلوگیری از خطرهای ایجاد شده دارد.

وی با اشاره به فعالیت‌های كمیسیون‌های مختلف مجلس خبرگان رهبری تصریح كرد: كمیسیون‌هایی كه در رابطه با تداوم شرایط رهبری فعالیت می‌كنند، اقدامات خود را به خوبی انجام می‌دهند و این كمیته‌ها گزارش‌های خود را به مجلس ارایه می‌كنند و ما نیز آن را به مقام معظم رهبری اعلام خواهیم كرد. در نظر نداریم كه این مسایل در سطح جامعه مطرح شود چون خبرگان رهبری به دنبال تبلیغ نیست شاید روزی این موارد اعلام شود.

هاشمی رفسنجانی با اشاره به اینكه «در اوایل تشكیل خبرگان برخی‌ رندانه می‌خواستند این مجلس را تضعیف كنند»، تصریح كرد: برخی افراد با گفتن این سخنان كه تشكیل مجلس خبرگان رهبری موجب تضعیف رهبری می‌شود می‌خواستند این مجلس بزرگ و مهم را تضعیف كنند، ولی امام خمینی(ره) در همان زمان فرمودند كه خبرگان نه تنها تضعیف رهبری نیست بلكه تقویت رهبری است. اگر جامعه بداند حدود 80 نفر افراد باتقوا و آشنا با شرایط كشور می‌تواند در یك شرایط حساس كسی را انتخاب كنند و بر تداوم حضور آن پافشاری كنند.